Konstruksi Phylogeny Tree

Pohon filogenetik (Phylogeny tree)

Salah satu metode yang paling sering digunakan dalam sistematika untuk memahami keanekaragaman makhluk hidup melalui rekonstruksi hubungan kekerabatan (Phylogenetic relationship). Pohon filogenetik merupakan grafik yang digunakan untuk menggambarkan hubungan kekerabatan antartaksa yang terdiri atas sejumlah nodus dan cabang dengan hanya satu cabang yang menghubungkan dua nodus paling berdekatan. Setiap nodus mewakili unit-unit taksonomi dan setiap cabang mewakili hubungan antar unit yang menggambarkan hubungan keturunan dengan leluhur. Pola percabangan yang terbentuk dari suatu pohon filogenetik disebut topologi.

Konstruksi pohon filogenetik atau biasa disebut dendogram dilakukan dengan menggunakan program MEGA (bisa dari berbagai versi, MEGA 5.1; 6.1 atau 7.0) dengan metode Neighbor Joining (NJ).

Program MEGA hanya dapat digunakan untuk mengkonstruksi pohon filogenetik berdasarkan sekuen DNA atau protein,

Langkah-langkah dalam konstruksi pohon filogenetik dengan program MEGA:

1. Buka aplikasi MEGA (sebagai contoh saya gunakan program MEGA 7.0)

2.  klik Align -> edit/build alignment -> creat a new alignment -> pilih DNA atau protein (tergantung kalian mau rekonstruksi menggunakan sekuen DNA atau protein) -> klik OK

 #setelah diklik OK akan muncul seperti ini

3. klik edit -> pilih insert blank sequence (edit nama sampel pada kolom nama dan input (copy paste) sekuen yang kalian punya satu persatu kekolom yang ada) 

#ratakan sekuen pada bagian ujung

input sekuen selesai -> klik edit -> pilih select all -> klik Alignment -> pilih alignment by clustalW -> klik OK

 klik data -> pilih save session (untuk menyimpan sekuen hasil alignment) file akan tersimpan dalam bentuk file ektensi .mas (MAS file) 

 3. Kembali ke site pertama, klik Distance -> Compute pairwise distances (input file ekstensi .mas tadi) -> klik open

untuk variance estimation method pilih yg Bootstrap method (500-1000) -> klik Compute 

4. kembali ke site pertama, klik Phylogeny -> pilih construct/tes neighbor-joining tree