NCBI (National
Center for Biotechnology Information) adalah salah satu situs pertama di
dunia yang ditujukan untuk penelitian biomedis dan bioinformatika. NCBI telah
menciptakan sistem otomatis yang digunakan untuk menyimpan dan menganalisis
data genetik dan molekuler. Berbasiskan NLM (National Library of Medicine)
dan NIH (National Institutes of Health), NCBI menjadi inang berbagai
macam database yang digunakan oleh peneliti dunia. NCBI dibentuk dengan
persetujuan oleh Senator Claude Pepper pada tahun 1988, saat ini NCBI sendiri
dipimpin oleh David Lipman. Tujuan awal dibentuknya lembaga NCBI adalah untuk
membantu dalam memahami mekanisme molekuler yang mempengaruhi kesehatan manusia
dan penyakit. Saat ini, NCBI terletak di Bethesda, Maryland dan dapat dengan
mudah diakses secara umum melalui internet dengan alamat web www.ncbi.nlm.nih.gov.
Sumber
daya
Dalam bagian sumber
daya, NCBI memiliki sumber daya yang luar biasa besar, ada lebih dari 60 sumber
daya di NCBI. Sumber daya-sumber daya yang ada di NCBI sangatlah beragam
tipenya. Ada yang membahas tentang kimia & bioassay, RNA & DNA, domain
& struktur, dll. Ini merupakan daftar beberapa sumber daya di NCBI yang
populer:
- Bookshelf (NCBI Bookshelf): Koleksi dari buku biomedis yang
dicari atau dari data yang dihubungkan dalam database NCBI yang berbeda.
Koleksi ini mencakup buku teks tentang biomedis, judul-judul yang bersifat
ilmiah lainnya, sumber-sumber genetik, seperti GeneReviews, dan
petunjuk ilmiah manual NCBI.
- PubMed: Public Medline
merupakan database gratis yang mengakses langsung menuju ke database
Medline atau referensi dan abstrak pada sains dan topik biomedis.
- BLAST: Basic Local
Alignment Search Tool adalah program penyelarasan sekuens, seperti
sekuens dari asam amino dari protein yang berbeda, atau sekuens nukleotida
dari DNA.
Fasilitas
Fasilitas yang diberikan dari situs ini dapat dibagi dalam 3 bagian:
- Database: NCBI memberikan akses ke database yang sangat besar
dan luas bagi pengunjungnya, sehingga memberikan kemudahan bagi pengunjung
untuk mencari data yang diinginnkan. Salah satu contoh database dari
NCBI adalah database Biosample.
- Pengunduhan data dan
perangkat lunak dari NCBI: Data dan perangkat lunak yang berasal dari NCBI
sangatlah kaya dan banyak, apalagi ditambah dari sumber daya NCBI yang
luar biasa banyak. Contoh perangkat lunak yang bisa diunduh dari NCBI
adalah BLAST.
- Pengumpulan: Salah satu
fasilitas pengumpulan dari NCBI adalah BioProject Submission.
Bentuk online yang menyediakan antarmuka bagi para peneliti, konsorsium
dan organisasi untuk mendaftarkan BioProjects mereka. Ini berfungsi
sebagai titik awal untuk pengajuan data genom dan genetik untuk
penelitian.
- Alat: NCBI sangatlah kaya
akan alat-alat, berbagai alat yang disediakan NCBI akan memudahkan
pengunduhnya untuk melakukan berbagai pekerjaan molekuler. Contohnya
adalah Amino Acid Explorer, alat ini memungkinkan pengguna untuk
mengeksplorasi karakteristik asam amino dengan membandingkan sifat
struktural dan kimia, memprediksi perubahan urutan protein disebabkan oleh
mutasi, melihat substitusi umum, dan browsing fungsi residu diberikan
dalam domain dilestarikan.
Jasa-jasa
Jasa-jasa
yang ditawarkan oleh NCBI adalah sebagai berikut
1.
Mengembangkan metode baru untuk menangani
volume dan kompleksitas data meneliti ke metode yang dapat menganalisis
struktur dan fungsi makromolekul.
2.
Menciptakan sistem komputerisasi untuk
menyimpan dan menganalisis data tentang biologi molekuler.
3.
Menyediakan akses ke analisis dan alat
komputasi (yang memfasilitasi penggunaan database dan perangkat lunak) untuk
peneliti dan publik.
Dalam proses
pengembangan database, NCBI membentuk standar database seperti nomenklatur
database yang juga digunakan oleh non-database NCBI.
Pelatihan
NCBI sendiri kerap mengadakan pelatihan-pelatihan dalam bentuk workshop.
Setiap tahunnya, NCBI biasanya akan mengadakan tiga workshop rutin yang
diberi judul Discovery Workshop. Discovery Workshop diadakan selama 2,5
jam setiap sesinya. Ada empat modul yang ditawarkan dari Discovery Workshop ini.
Modul tersebut antara lain Sekuens, Genom, dan Peta; Protein, Domain, dan
Struktur; Layanan NCBI BLAST; serta Variasi Manusia dan Gen Penyakit.
Selain
Discovery Workshop, NCBI juga mengadakan NNLM Regional Workshop. Workshop
ini merupakan kolaborasi antara NCBI dengan Perpustakaan Medis Regional. Workshop
ini akan diselenggarakan di institusi-institusi regional yang memiliki
fasilitas yang memadai. Workshop ini terbilang baru, karena baru saja
diadakan tahun 2010 lalu. Workshop yang paling dekat diadakan saat ini
adalah workshop pada bulan Oktober tanggal 10-11 di Universitas
Colorado.