Penggunaan pensejajaran berganda ini bertujuan untuk mensejajarkan dan mencocokan hasil sekuensing yang diperoleh dari sampel penelitian dengan data di genbank. Analisis hasil BLAST tersebut memberikan informasi mengenai bakteri apa yang mempunyai kesamaan dengan urutan DNA sampel sehingga dapat digunakan untuk identifikasi bakteri. Informasi dari hasil BLAST tersebut berupa Score, Query Coverage, E-value dan Maximum identity.
Score adalah jumlah keselarasan semua segmen dari urutan database yang cocok dengan urutan nukleotida. Nilai skor menunjukkan keakuratan nilai penjajaran sekuens berupa nukleotida yang tidak diketahui dengan sekuens nukleotida yang terdapat di dalam genbank. Semakin tinggi nilai skor yang diperoleh maka semakin tinggi tingkat homologi kedua sekuens.
Query coverage adalah persentasi dari panjang nukleotida yang selaras dengan database yang terdapat pada BLAST. Max identity adalah nilai tertinggi dari persentasi identitas atau kecocokan antara sekuen query dengan sekuen database yang tersejajarkan.
Nilai E-value merupakan nilai dugaan yang memberikan ukuran statistik yang signifikan terhadap kedua sekuen. Nilai E-value yang semakin tinggi menunjukkan tingkat homologi anta sekuens semakin rendah, sedangkan nilai E-value yang semakin rendah menunjukkan tingkat homologi antar sekuens semakin tinggi. Nilai E-value bernilai 0 (nol) menunjukkan bahwa kedua sekuens tersebut identik.
Gambar 1. Contoh Analisis BLAST Hasil Sekuensing
Tingkat homologi sekuen tersebut dapat ditunjukkan dengan nilai yang tertera pada warna grafik hasil BLAST. Nilai pada grafik yang berada di bawah angka 50 menunjukkan tingkat homologi kedua sekuens rendah yang dideskripsikan dengan warna hitam dan biru. Warna hijau, merah muda dan merah menunjukkan tingkat homologi yang semakin tinggi. Pada Gambar 1. Grafik hasil BLAST menunjukkan warna merah yang menandakan bahwa tingkat homologi sekuen yang tinggi. Homologi adalah kesimpulan bahwa dua sekuens tersebut sama dan memiliki hubungan evolusi.
Nilai max identity sebesar 99% mengindikasikan bahwa isolat dianggap sebagai spesies yang sama. Sedangkan homologi ≥97% dapat dinyatakan bahwa isolat yang dibandingkan berada pada genus yang sama dan homologi antara 89-93% menunjukkan famili yang berbeda. Tetapi hal ini perlu ditelusuri lagi melalui analisis filogenetik dengan melihat percabangan yang dibentuk oleh isolat melalui pengamatan posisi yang ditempati diantara spesies-spesies yang lain atau spesies pembandingnya.
