Konstruksi Phylogeny Tree

Pohon filogenetik (Phylogeny tree)

Salah satu metode yang paling sering digunakan dalam sistematika untuk memahami keanekaragaman makhluk hidup melalui rekonstruksi hubungan kekerabatan (Phylogenetic relationship). Pohon filogenetik merupakan grafik yang digunakan untuk menggambarkan hubungan kekerabatan antartaksa yang terdiri atas sejumlah nodus dan cabang dengan hanya satu cabang yang menghubungkan dua nodus paling berdekatan. Setiap nodus mewakili unit-unit taksonomi dan setiap cabang mewakili hubungan antar unit yang menggambarkan hubungan keturunan dengan leluhur. Pola percabangan yang terbentuk dari suatu pohon filogenetik disebut topologi.

Konstruksi pohon filogenetik atau biasa disebut dendogram dilakukan dengan menggunakan program MEGA (bisa dari berbagai versi, MEGA 5.1; 6.1 atau 7.0) dengan metode Neighbor Joining (NJ).

Program MEGA hanya dapat digunakan untuk mengkonstruksi pohon filogenetik berdasarkan sekuen DNA atau protein,

Langkah-langkah dalam konstruksi pohon filogenetik dengan program MEGA:

1. Buka aplikasi MEGA (sebagai contoh saya gunakan program MEGA 7.0)

2.  klik Align -> edit/build alignment -> creat a new alignment -> pilih DNA atau protein (tergantung kalian mau rekonstruksi menggunakan sekuen DNA atau protein) -> klik OK

 #setelah diklik OK akan muncul seperti ini

3. klik edit -> pilih insert blank sequence (edit nama sampel pada kolom nama dan input (copy paste) sekuen yang kalian punya satu persatu kekolom yang ada) 

#ratakan sekuen pada bagian ujung

input sekuen selesai -> klik edit -> pilih select all -> klik Alignment -> pilih alignment by clustalW -> klik OK

 klik data -> pilih save session (untuk menyimpan sekuen hasil alignment) file akan tersimpan dalam bentuk file ektensi .mas (MAS file) 

 3. Kembali ke site pertama, klik Distance -> Compute pairwise distances (input file ekstensi .mas tadi) -> klik open

untuk variance estimation method pilih yg Bootstrap method (500-1000) -> klik Compute 

4. kembali ke site pertama, klik Phylogeny -> pilih construct/tes neighbor-joining tree

  

AKU

SOURCE: https://id.pinterest.com/pin/302233824974199221/

Terlalu banyak hal yang terjadi dalam hidupku saat ini

Hambar mendominasi banyak hal itu

Hambar mentawarkan segala rasa yang dulu menggebu

Hambar merenggut tekad yang telah terbentuk sejak lama

Hambar memenangkan parade sepi dihati ini

Menatappun aku sudah tidak sanggup

Buram mata ini ditutup harapan semu

Urat malu ini seakan menegaskan kelemahan hati sang penantang

Tidak lagi menyalahkan perbedaan

Tidak lagi mempertanyakan bisakah kita saling memeluk dalam perbedaan?

Tidak lagi menjadi sosok yang sama untuk menentang orang-orang yang menyulut dan tersulut kebencian akan perbedaan

Tidak lagi menghalalkan cara-cara yang sebenarnya haram

Tidak lagi menatap sinis mereka yang suci dan membawa nama Tuhan mereka

Sosok apa sebenarnya aku ini???

Inikah manusia yang tenar dengan kelemahannya

Aku ingin lari dan menangis sekeras-kerasnya

Tangis yang mewakili bimbangnya hati ini

Tangis yang menegaskan bahwa aku benar-benar hanya manusia

Why bacteria producing antibiotic does not effects on own growth?

"Why bacteria producing antibiotic does not effects on own growth?"
buat kalian yang mungkin punya pertanyaan yg sama, mungkin ini bisa membantu...
Check Link dibawah ini!!!

 How do antibiotic-producing bacteria ensure their self-resistance before antibiotic biosynthesis incapacitates them?

How a Microbe Resists Its Own Antibiotics | The Scientist Magazine

Analisis Hasil BLAST

Penggunaan pensejajaran berganda ini bertujuan untuk mensejajarkan dan mencocokan hasil sekuensing yang diperoleh dari sampel penelitian dengan data di genbank. Analisis hasil BLAST tersebut memberikan informasi mengenai bakteri apa yang mempunyai kesamaan dengan urutan DNA sampel sehingga dapat digunakan untuk identifikasi bakteri. Informasi dari hasil BLAST tersebut berupa Score, Query Coverage, E-value dan Maximum identity.   

Score adalah jumlah keselarasan semua segmen dari urutan database yang cocok dengan urutan nukleotida. Nilai skor menunjukkan keakuratan nilai penjajaran sekuens berupa nukleotida yang tidak diketahui dengan sekuens nukleotida yang terdapat di dalam genbank. Semakin tinggi nilai skor yang diperoleh maka semakin tinggi tingkat homologi kedua sekuens.   

Query coverage adalah persentasi dari panjang nukleotida yang selaras dengan database yang terdapat pada BLAST. Max identity adalah nilai tertinggi dari persentasi identitas atau kecocokan antara sekuen query dengan sekuen database yang tersejajarkan. 

Nilai E-value merupakan nilai dugaan yang memberikan ukuran statistik yang signifikan terhadap kedua sekuen. Nilai E-value yang semakin tinggi menunjukkan tingkat homologi anta sekuens semakin rendah, sedangkan nilai E-value yang semakin rendah menunjukkan tingkat homologi antar sekuens semakin tinggi. Nilai E-value bernilai 0 (nol) menunjukkan bahwa kedua sekuens tersebut identik.

Gambar 1. Contoh Analisis BLAST Hasil Sekuensing

Tingkat homologi sekuen tersebut dapat ditunjukkan dengan nilai yang tertera pada warna grafik hasil BLAST. Nilai pada grafik yang berada di bawah angka 50 menunjukkan tingkat homologi kedua sekuens rendah yang dideskripsikan dengan warna hitam dan biru. Warna hijau, merah muda dan merah menunjukkan tingkat homologi yang semakin tinggi. Pada Gambar 1. Grafik hasil BLAST menunjukkan warna merah yang menandakan bahwa tingkat homologi sekuen yang tinggi. Homologi adalah kesimpulan bahwa dua sekuens tersebut sama dan memiliki hubungan evolusi.

Nilai max identity sebesar 99% mengindikasikan bahwa isolat dianggap sebagai spesies yang sama. Sedangkan homologi ≥97% dapat dinyatakan bahwa isolat yang dibandingkan berada pada genus yang sama dan homologi antara 89-93% menunjukkan famili yang berbeda. Tetapi hal ini perlu ditelusuri lagi melalui analisis filogenetik dengan melihat percabangan yang dibentuk oleh isolat melalui pengamatan posisi yang ditempati diantara spesies-spesies yang lain atau spesies pembandingnya.

SCOPUS: Apa itu dan isinya

Sering denger Index "SCOPUS" pada jurnal? tapi belum paham sebenarnya itu apa???
Check This One!
SCOPUS: Apa itu dan isinya

Mengetahui Struktur Bakteri Dengan Cara Yang Menyenangkan

https://www.youtube.com/watch?v=fzIKJpcfXfo

Buat kalian yang pengen belajar lebih banyak tentang biologi dengan metode yang "fun" tapi tetep dalam konteks belajar, aku rekomendasiin "Biology Medicine Videos" yang di upload di Youtube oleh account Armando Hasudungan, kalo kalian tertarik bisa kalian subscribe.

Selain itu juga video yang diupload bisa jadi salah satu ide yang mungkin bisa kalian pakai untuk bikin catatan pribadi kalian dalam ngebantu memahami biologi dengan lebih mudah.
cukup bermodalkan sketch book, drawing pen, and colour pencils. Atau bisa kalian modifikasi dengan beberapa ide lain sesuai keinginan kalian.

Aku udah coba bikin sendiri di sketch book beberapa materi yang aku adopsi dari videonya armando, karena beberapa materinya berkaitan sama topik thesis aku, dan itu bener2 jadi lebih gampang dipelajarin. hehe..

Oke, semoga informasinya bermanfaat.
THX ^_^

Materi Kuliah Bioteknologi : Reaksi PCR